Il y a 7000 ans, un cube fut trouvé. Il était fait d'une matière étrange qui fut nommé Cristal Divin. Ce cube contenait une prophétie. Elle parlait de « Déluge », des « Trois jours des Ténèbres ». Voici ce qu'était l'Innocence. Mais à quoi servait-elle ? La réponse fut trouvée quand un homme se faisant appelé le Comte Millénaire affronta le porteur de l'Innocence. Ce combat détruisit le monde. Ce fut suite à ça qu'arriva les « Trois jours des Ténèbres » relaté par le Cube. Cet événement correspondait au « Déluge » cité dans la Bible. Ce fut aussi ce qui divisa le Cube en 109 Innocences dispersées dans le monde. Mais la prophétie disait que ces « Trois jours des Ténèbres » reviendront.

Au bout d'un siècle d'existences, la Congrégation pouvait compter cinq maréchaux et dix-huit exorcistes. L'organisation comptait aussi de nombreux scientifique. Et un Grand Intendant spéciale dénommé Komui Lee. Puis, les exorcistes purent compter un coéquipiers de plus dans leur rang. D'après Hevlaska, cet exorciste, aurait un rôle important dans la prophétie du Cube, étant surnommé le Destructeur du Temps. Mais l'arrivée d'une action changea les choses. Un des maréchaux, Kevin Yeggar fut assassiné par les Noés. S'en suivi une série d'attaque lors des missions qui firent cent quarante-huit morts. Six exorcistes et cent quarante-deux traqueurs. Tout le monde s'activa à la Congrégation. Les exorcistes durent envoyer par groupes pour aller chercher les maréchaux. Cela emmena deux groupes au Japon. Le Japon, un pays fermé aux restes du monde. Le Comte s'en était emparé et l'avait transformé en territoire pour akumas. Un groupe de cinq exorcistes durent se battre contre des Noé dans l'arche. A la fin, ils furent rejoint par le maréchal Cross, qui les aida à affronter le Noé Tyki Mikk et à sortir de l'arche. A leur retour dans la Congrégation, plusieurs choses se passèrent. D'abord, l'inspecteur général de l'Administration Central, Malcolm C. Luberier s'occupa de plus près des affaires du QG, puis, le bâtiment fut attaqué par Lulubelle et des akumas niveau trois, ce qui amena à l'apparition du premier niveau 4. Voilà donc où nous trouvons maintenant.

Nous voilà fin du XIXième siècle. Cela faisait maintenant un siècle que le Comte refait parler de lui. En effet, il y a cent ans, alors que presque tout le monde avait oublié ce qui s'était passé sept mille ans plus tôt, le Comte réapparu avec ses akumas. C'est à ce moment que le Vatican, réagissant aux conséquences, créa la Congrégation de l'Ombre. Les membres de cette Congrégation avaient pour but de chercher les Innocences et de trouver leurs compatibles. Mais parmi ces cent neufs fragments du Cube, se trouve un fragment dénommé le Coeur Précieux. On peut se demander en quoi elle est particulière. Et bien, en apparence, cette Innocence ressembles aux cent huit autres. Mais si ce fragment et détruit, tous les autres fragments seront détruits. Depuis un siècle la bataille fait rage pour retrouver le Coeur Précieux...